C'est la structure qui pilote les différentes branches et activités du travail par le biais des Divisions et des Cellules. Son principal rôle consiste à définir d'abord les programmes de travail conformément aux orientations émanant des instances au Sommet de la Direction Générale. Il est également chargé d’assurer le suivi et l'évaluation des objectifs de façon rigoureusement planifiée. Il lui revient donc d'assurer une bonne communication inter Service pour un fonctionnement correct de la machine administrative.
Le Secrétariat Permanent est le premier interlocuteur de la Direction Générale dans le suivi de la bonne marche du travail au niveau des divisions et dans les Cellules. Il est un centre de dispatching de toutes les sollicitations, une structure administrative qui, dans ses contacts et dans sa dynamique contrôle tous les indicateurs dont la Direction Générale a besoin pour mieux gérer la responsabilité de l'organisation.